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Asunto:[historiaviva] filogenia SOFTWARE
Fecha:Viernes, 18 de Enero, 2002  10:36:17 (+0100)
Autor:Roger de Tàrraco <el_roger @.......com>

Se dijo en esta lista:

> Ya te digo, se lucio el palomo. Si tenemos el 99'98 (creo recordar) de
> genes en común con un chimpancé, distinguir poblaciones humanas debe
> ser un trabajo de chinos.
>

Si cierto, pero un gen puede ser el mismo en dos individuos, y no así su
secuencia de bases, que es donde se queda el "rollito" filogenético entre
individuos de la misma especie o muy cercanas. Yo no me veo muy parecido a
un chimpance, salvo en mis hábitos corporales... ;-)

En principio existen herramientas informáticas para comparar
filogenéticamente dos cadenas de ADN ya sean genes o partes del genoma
provinientes de individuos diferentes (o no, jeje) y que dan mucho juego.
Si consigues un fragmento (por ej. un gen) de los hospitales, o bases de
datos públicas (GeneBank) que puedas saber que es de una población
determinada, lo puedes comparar con otro de otra población,
filogenéticamente.

Estos árboles filogenéticos se crean en base a:
- Matriz de distancias entre pares de bases.
- Matriz de distancias de acoplamiento/asociacion de pares de bases
próximas.
- Máxima parsimonia. (Un algoritmo de trazado de árboles llamado Parsimony
relacionado con el Occam's Razor, un principio formulado por el filósofo
medieval William of Occam que formula que la explicación más simple, será
siempre la probablemente más correcta). Ordena el árbol en función de el
número de cambios necesarios entre pares de bases para ir desde unos genomas
a otros.
- Máxima verusimilitud: método probabilístico que obtiene la opción óptima
asignando pesos de probabilidad y maximizando la probabilidad total del
árbol filogenético sugerido.

SOFTWARE:
La aplicación que más se usa se llama PHYLIP:
contiene 30 programas que implementan diferentes algoritmos para el análisis
filogenético.

ClustalX
Es un programa básicamente para hacer alineamiéntos múltiples de secuencias,
pero capaz de dibujar árboles filogenéticos por el método de neighbor
joining (no se como traducirlo, quizá como he dicho arriba
acoplamiento/asociaciones de pares de bases próximas).
Se usa para grabar ficheros con formato PHYLIP y aplicarles este último.


Espero que ninguno se ponga a hacer locuras...... ;-) jejejeje
Aunque podríais con un poco de estudio de estos paquetes (que creo que
funcionan solo en sistemas operativos Unix y Linux.. :-( y claro, eso sí,
que es lo chungo, una buena fuente de secuencias de DNA en formato
electrónico, aunque sea texto, y su origen poblacional contrastado, amén de
muuuchas ganas de comerse el coco y analizar los resultados teóricos
obtenidos dándoles un sentido historico demostrable <=== SIN ESTO cualquier
estudio genético teórico no es más que una hipótesis en pañales y un insulto
al trabajo de los historiadores, si es publicada impunemente).

¡¡Nos vemos en la ciudad donde se cruzan las espadas!!

R




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